总公司和分公司的纳税方式主要取决于它们是否独立核算以及当地税务机关的规定。
1.独立核算的纳税方式：
如果分公司办理了税务登记，它被视为一个独立的增值税纳税人，需要单独申报缴纳增值税。
对于企业所得税，如果分公司符合独立核算的条件，也应单独申报缴纳企业所得税，并适用经营所在地的企业所得税税率。
2.汇总纳税的纳税方式：
如果总公司和分公司不在同一县（市），它们通常应分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。
经国务院财政、税务主管部门或其授权的财政、税务机关批准，总公司可以汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
在同一征收区域内的总公司、分公司可以汇总纳税，也可分别纳税。
3.跨地区经营的纳税方式：
对于跨地区设立的不具有法人资格的分支机构，实行统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库的企业所得税征收管理办法。
总分机构分摊计算缴纳企业所得税的方法是：总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×百分之五十，所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×百分之五十。