两个公司挂往来做账时，需明确往来性质，如借款、投资、销售商品或提供服务等，并据此选择会计科目。每笔交易需保留合同、发票等原始凭证，作为记账依据及审计、税务检查资料。根据原始凭证编制记账凭证，并登记总分类账、明细分类账等账簿。定期编制资产负债表、利润表、现金流量表等财务报表，真实反映财务状况、经营成果及现金流量。同时，需遵守《公司法》、《企业财务会计报告条例》等法规，确保账务处理的准确性和合法性。