发票抵扣联与发票联在性质和用途上存在显著差异。发票抵扣联是企业在支付了上一环节增值税后，用于本单位或生产阶段抵扣的原始凭证，它主要面向采购方，作为企业或个人抵扣税款的凭证，需装订成册并交由税务机构审核。而发票联则是购买方核算物料采购成本和增值税进项税额的记账凭证，与付款凭单和内部入库单等共同构成企业财务入账的依据，主要用于销售方的记账和报税。简而言之，抵扣联关乎税款的抵扣，发票联则涉及企业的财务核算。