企业若发现不该抵扣的进项税已被抵扣，应立即停止继续抵扣该笔进项税。随后，向税务机关申报并说明情况，补缴因错误抵扣而少缴的税款及滞纳金。同时，调整财务报表，将该笔进项税从可抵扣项目中剔除。为防再犯，企业需加强内部审核，提高税务合规性。这一系列措施旨在确保税务处理的准确性和合规性，降低税务风险。