更换发票专用章的流程主要包括以下几个步骤：

1.准备必要资料：包括营业执照副本原件及复印件、税务登记证副本原件及复印件（如已办理“多证合一”则无需提供）、法人身份证原件及复印件、经办人身份证原件及复印件、刻章申请书（需盖公章）、上交旧的发票专用章等。

2.申请备案：携带准备好的资料，前往公安局指定的地点进行发票专用章的更换申请。填写申请刻章的登记表，并提交资料进行审核。

3.刻制新章：审核通过后，公安机关会安排指定的刻章公司进行新章的刻制。刻制完成后，领取公安局核发的《刻章许可证》及新章。

4.销毁旧章：更换完成后，需将旧的发票专用章进行截角销毁，并携带新、旧发票专用章及发票购用簿到专管员处登记备案，以确保新章的唯一性和合法性。

整个流程需确保资料的真实性和准确性，并严格按照相关法律法规和公安局的要求进行操作。