企业个人所得税申报流程分为线上和线下两种方式。线上申报主要通过自然人电子税务局（WEB）端进行，需登录系统，选择申报年度并录入单位信息，填写收入成本等信息后提交。如首次使用需先进行人员信息采集。申报成功后若有税款，需进行缴纳并打印完税证明。线下申报则前往经营管理所在地主管税务机关办理。企业应确保所填信息的真实性和准确性，并按时提交申报材料，避免税务风险和法律责任。