农产品3%专票抵扣9%的申报流程如下：

1.录入和勾选：
通过电子税务局的税务数字账户进入发票勾选确认模块。
选择“抵扣类勾选”，并录入代开的农产品发票信息，包括发票代码和号码。
系统会自动带出发票相关信息，确认无误后点击确定。

2.抵扣勾选：
完成录入后，进入“抵扣勾选”模块对这些发票进行勾选，以便在后续的申报中使用。

3.申报表填写：
在增值税申报表中，按照9%的扣除率填写进项税额。
对于3%的专票，尽管其征收率为3%，但按照9%的扣除率计算抵扣，可抵扣税额应填入《附列资料二》的第6栏。
若按票面税额直接抵扣，则填入第2栏。

4.加计扣除（如有需要）：
在某些情况下，如购进农产品用于生产或委托加工13%税率货物时，还需在增值税申报表中加计扣除1%的进项税额。