小规模纳税人采用差额征税方式填写申报表时，需遵循以下步骤：

1.填写纳税人基本信息，包括纳税人名称、纳税人识别号、所属期等。
2.填写销售额，包括应税销售额和免税销售额，注意区分货物及劳务列与服务、不动产和无形资产列。
3.填写进项税额，包括可抵扣和不可抵扣的进项税额，对于差额征税，应特别关注允许扣除的项目金额。
4.计算应纳税额，根据销售额减去允许扣除的进项税额，再乘以简易计税方法的税率（通常为3%）。
5.填写已缴纳的税额，包括增值税和消费税。
6.计算并填写应补（退）税额，即应纳税额减去已缴纳的税额。
7.如有其他应纳税款和已缴纳的其他税款，也需如实填写。
8.填写申报人和审核人的信息，并签字加盖纳税人章。

在填写过程中，应确保数据准确无误，符合系统比对规则，以免影响正常申报和税款缴纳。同时，对于差额征税的具体规定和计算方法，建议咨询当地税务机关或参考相关税收政策文件。