股权转让款的做账流程需严格按照股权转让协议及相关法律法规进行。首先，确认股权转让合同，记录转让双方、转让股权比例等关键信息。其次，根据协议调整股东名册，记录新股东信息。接着，进行会计账务处理，将股权转让款项计入公司收入，并调整相关股东权益。最后，向税务部门申报股权转让所得，按照税法规定缴纳相关税费。在整个过程中，需确保股权转让的合法性和合规性，及时更新财务报表，准确计算并处理税务问题，以确保账务处理的准确性和合规性。