长期投资损失通常会计入公司的利润表中的“非经营性损失”科目。这是因为长期投资被视为公司的非经营性资产，其价值波动受市场等多种因素影响，因此其损失不被视为公司正常业务活动的一部分。在财务报表中，长期投资损失会在“净利润”计算后计入“综合收益”中。此外，当长期投资减值或损失后，减资或减值的差额会按比例分配到每个持股单位，抵减资产账户（如待处置资产）和投资账户（如长期投资）。这种处理方式有助于准确反映公司的财务状况和经营成果。