一般小公司通常采用小规模纳税人的方式进行纳税。具体来说，小公司纳税主要涉及增值税、企业所得税等税种。

1.增值税：小公司若符合小规模纳税人标准，即年应征增值税销售额不超过一定限额（如制造业不超过50万元，其他行业不超过80万元），则可按简易计税方法缴纳增值税。季度普票销售额在30万以内时，免增值税；超过30万则全额按1%征税。开具专票时，税率一般为3%或1%，具体根据业务类型和开票情况而定。

2.企业所得税：对于小型微利企业，即年度应纳税所得额不超过300万元、从业人数不超过300人、资产总额不超过5000万元的企业，可以享受减按25%计算应纳税所得额，再按20%的税率缴纳企业所得税的优惠政策。这一政策执行期延长至2027年底。

3.其他税费：如附加税（包括资源税、城建税等）在小规模纳税人中通常也有减免政策，如六税两费减半征收等。

此外，小公司的税款征收方式主要有查账征收和核定征收两种。查账征收适用于能够准确核算自身应纳税所得额的企业，而核定征收则适用于无法实行查账征收方式的企业。具体采用哪种方式，需根据企业的实际情况和税务机关的判定。

在纳税过程中，小公司需按时向税务机关申报纳税，并提交相关财务报表和资料。同时，应密切关注税收政策的变化，以便及时调整纳税策略和规划。