补缴上一年的增值税做账需分步骤处理。首先，确认应补缴的增值税金额，并编制会计分录，记录补缴的税金。具体为借记“应交税金——未交增值税”或“增值税检查调整”科目，贷记“银行存款”科目。其次，若补缴税金涉及以前年度损益，需进行相应调整，借记“以前年度损益调整”科目，贷记相应增值税科目。最后，将调整后的以前年度损益金额结转到“利润分配——未分配利润”科目中，具体为借记“利润分配——未分配利润”科目，贷记“以前年度损益调整”科目。同时，提交增值税补缴申请及相关资料，确保合规处理。