当收到的发票金额大于实际付款金额时，应按照实际支付金额入账。
首先，确认发票信息无误，包括开具单位、内容、实际金额及税额等。
对于一般纳税人，会计分录为：
借原材料等（根据发票内容计入对应科目）和应交税费——应交增值税（进项税额，按实际付款金额计算），贷银行存款（或应付账款，以实际支付金额为准）。
发票金额高出部分不入账，但应作为应付账款处理，或若对方明确表示不再收取，可计入营业外收入。
增值税的进项税按照实际付款金额进行计算，多出部分需做进项税转出处理。
这样处理既符合会计准则，也确保了财务记录的准确性和合规性。