土地增值税加计扣除5%的计算方法，是依据开发成本和取得土地使用权所支付的金额之和的5%进行加计扣除。具体计算时，需先确定扣除项目，包括取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、房地产开发费用及其他允许扣除的项目。加计扣除金额的计算公式为：(取得土地使用权所支付的金额+房地产开发成本+房地产开发费用+其他允许扣除的项目)×5%。此政策旨在鼓励房地产开发投资，降低企业税负。