在建工程进项税可以抵扣，但需符合增值税法规定的可抵扣条件。具体而言，若进项税额与在建工程直接相关，并已取得合法有效的增值税专用发票，这些进项税可从销项税额中抵扣。抵扣时需确保符合抵扣时限，并遵循税法规定的不动产进项税额分期抵扣政策。对于新建、改建、扩建、修缮、装饰不动产的在建工程，其进项税额需分两年抵扣，第一年60%，第二年40%。此外，从农业生产者直接购进的农产品，如苗木等，也可按规定抵扣进项税。