内部控制审计主要包括对内部控制制度的审查和评价，以及对其运行有效性的测试。内容涵盖责任控制、内部牵制、会计控制、经营循环系统控制及财产凭单管理等制度。审计过程涉及了解企业内控情况、初步评价内控健全性、实施符合性测试、评价内控强弱及风险，并提出改进建议。通过这一系列程序，确保企业内部控制的有效性和合规性。