ETC通行费发票抵扣流程如下：

1.账户注册与绑定：在国家指定的发票服务平台（如“票根”APP）完成账户注册，并绑定ETC卡信息，包括身份信息和车辆信息。

2.发票申请：登录发票服务平台后，从充值记录或实际通行记录中选择需要开具发票的部分，申请生成通行费电子发票。

3.发票认证：确保发票信息真实、准确，包括发票抬头、纳税人识别号、通行时间、路段性质及税额等。

4.录入会计系统：将符合抵扣条件的ETC通行费电子发票信息录入企业的财务管理系统或报税软件中。

5.纳税申报：在每月增值税纳税申报期内，将抵扣的ETC通行费税额汇总至《增值税纳税申报表》的进项税额栏目中。

6.附件留存：妥善保存发票的电子信息，以便税务机关检查时提供相关证明材料。

7.注意抵扣期限：ETC通行费发票的抵扣期限为开具之日起360日，需及时进行抵扣。

8.了解抵扣规定：收费公路通行费增值税进项抵扣事项按照现行增值税政策有关规定执行，需遵守相关政策规定。

以上流程仅供参考，具体操作可能因地区、行业及政策变化而有所不同，建议咨询当地税务机关或专业财税顾问获取最新信息。