工程合同的印花税税率是万分之三。具体地，建筑安装工程承包合同，即工程合同，包括建筑、安装工程的承包，其印花税税率按承包金额的万分之三贴花，由立合同人缴纳。这一税率是根据《中华人民共和国印花税法》及相关税务规定确定的。对于税额的计算，需按照合同上的金额乘以万分之三得出，若税额不足1角则免印花税，若税额超过1角则需四舍五入后贴花。