当股东失踪时，办理公司注销的步骤如下：
1.确认股东状态。首先需要确认失踪股东的状态，如果失踪股东已经死亡，需要向公安部门申请死亡证明。
2.发出通知。如果失踪股东的股份占比小于三分之一，可以通过正常程序注销公司，需要向失踪股东发送书面通知，并尽可能通过报纸或其他方式公告通知。
3.召开股东会议。在发出通知后，召开股东会议，决议需要得到代表三分之二以上表决权的股东的同意。
4.清算程序。股东会决议通过后，成立清算组，进行公司清算，包括财产分配、债权登记、税务清算等。
5.公告清算。在报纸上刊登清算公告，通知债权人。
6.制作清算报告。清算完成后，制作清算报告，并提交给相关政府部门。
7.办理注销登记。最后，向企业登记机关申请办理注销登记。
如果失踪股东的股份占比超过三分之一，可能需要通过法院强制注销程序。在不同情况下，可能还需要与行政部门沟通，寻求帮助和指导。