分公司报税的具体操作取决于其是否为独立核算，以及总公司和分公司所在地的税务规定。
对于总公司和分公司为非独立核算关系的情况，分公司会将所有税种的申报信息传递给总公司，由总公司来汇总后向相关税务部门递交申报。但是在总公司和分公司地理位置不同的情况下，企业所得税的申报就需要按照跨区经营所得税申报原则来处理。这意味着每个分支机构都需要向当地税务机关独立进行申报缴纳，并根据总公司所在地国税部门核准的分配比例来处理。
而对于独立核算的分公司，情况将会相对复杂。按照季度所得税申报原则进行申报和缴纳是其必须要面对的挑战。在涉及到纳税所属地等问题时，企业需要咨询相关的税务机关，在规定时间内结合本地实际情况完成税务申报的工作。