个体工商户与注册公司的主要区别体现在法律地位、税务处理及责任承担上。个体工商户为非独立法人，其债务由经营者个人承担，税务上按个人所得纳税，设立条件较为宽松，无严格财务制度要求。而注册公司则为独立法人，具备法人财产权，债务由公司资产偿还，股东承担有限责任，税务上需遵循企业所得税法，设立条件严格，需满足公司法各项要求，并具备完善的财务管理体系。此外，个体工商户在税收优惠、发票申请等方面也与公司存在差异，如无法享受特定税收优惠，无法申请开具增值发票等。