三人合伙开公司股权分配，建议采取差异化分配方式。这种方式可以依据各合伙人的实际贡献（如资金投入、技术投入、管理经验等）来决定股权比例。例如，出资比例可以占一定权重，但不应是唯一决定因素，技术专利、运营经验等也应纳入考量。此外，还需预留一部分股权作为机动股，用于未来吸引新股东或激励员工。

具体分配时，可设定一个基础出资比例，再根据各自的非货币贡献进行评估调整。评估过程应公开透明，确保每位合伙人的权益得到合理体现。同时，为防止后期矛盾，建议在合伙协议中明确股权调整机制及退出机制。

差异化分配的好处在于能够更公平地反映各合伙人的实际贡献，激发其积极性和创造力，有利于公司的长期稳定发展。