公路施工二级总包公司资质变更需按以下流程操作：首先，企业需向主管部门提交资质变更申请及相关材料，包括变更申请表、企业营业执照、变更事项证明文件等。主管部门将对申请材料进行审核，确定是否符合资质变更条件。审核通过后，可能会进行现场核查，以确认企业的实际经营状况和技术实力。最后，企业凭审批批复文件到指定地点领取新的资质证书。在办理过程中，企业应确保提交材料真实有效，并积极配合主管部门的审核工作。此外，企业还需及时了解审批进度，确保资质变更顺利进行。