土石方工程专业承包资质办理流程包括：首先，企业在工商行政管理部门注册登记，取得法人资格。其次，向区县建设行政主管部门提出书面申请，经同意后上报市住房和城乡建设局。市局审核符合条件后下发批准文件。接着，企业按属地管理原则向区县建筑业管理部门提交资质申请材料，初审合格后报市建管处。市建管处对材料进行审核，市级核准范围资质公示后无异议即核准并备案，省级核准范围资质则上报省建管局。核准后，企业到市住建局工程科办理建造师注册手续，领取注册建造师证书后，再领取资质证书。