特殊食品生产许可证的办理流程主要包括以下步骤：

1.准备材料：根据当地市场监督管理部门的要求，准备齐全的申请材料，包括食品生产许可申请书、营业执照复印件、食品注册证明文件（或备案证明）复印件、产品配方、产品标签和说明书样稿、生产工艺流程图等。

2.提交申请：申请人可以选择线上或线下方式提交申请。线上申请需登录当地市场监督管理部门的网站或政务服务网，填写并提交电子申请材料；线下申请则需将纸质申请材料递交至指定窗口。

3.材料审核：市场监督管理部门对提交的申请材料进行形式审查，确认材料是否齐全、符合法定形式。如有需要，可能会要求申请人补充或修改材料。

4.现场核查：对于符合要求的申请，市场监督管理部门会组织现场核查，对申请人的生产场所、设施设备、生产工艺等进行实地检查，以评估其是否具备生产特殊食品的条件和能力。

5.审批发证：经过审核和现场核查后，市场监督管理部门会根据审核结果作出是否准予许可的决定。对于符合要求的申请，将颁发特殊食品生产许可证；对于不符合要求的申请，将书面告知申请人并说明理由。

请注意，不同地区的特殊食品生产许可证办理流程可能存在差异，请申请人根据当地市场监督管理部门的具体要求进行操作。