南京商标注册代办流程主要包括咨询与查询、提交申请、形式审查、实质审查、公告与异议期及注册证书颁发。首先，代办机构提供咨询与商标查询服务。确认可注册后，提交申请并准备相关资料。商标局进行形式与实质审查，通过后公告并给予异议期。若无异议或异议不成立，则颁发注册证书。费用方面，按类别按个数收取，每类每个商标费用大致在1900元至3000元不等，含十年有效期，具体取决于国内外申请人及代理机构服务内容。委托代理机构还需支付相应服务费。