食品经营许可证办理面临的主要困难包括：审核标准严格，涉及食品安全、卫生、储存等多个方面，稍有不符合便可能导致审核失败；资料准备繁琐，需提交营业执照、卫生许可证、消防安全证明等多种材料，部分材料还需专门审批或检验；现场核查难度大，包括对生产设备、工艺流程、产品检验等方面的检查，不符合要求将影响办理进度；食品安全管理体系要求高，需投入大量人力物力进行整改和完善。企业应提前规划和准备，委托专业机构协助，完善食品安全管理体系，加强内部培训和整改，以顺利办理食品经营许可证。