注册深圳开头的公司和广东开头的公司区别主要在于最低注册资金限制和税收优惠政策方面。
注册资金方面：
注册深圳开头的公司没有最低注册资金限制（特殊行业除外）。
注册广东省开头的公司最低注册资金要500万元。
税收优惠方面：
广东开头的公司：
1.高新技术企业，可享受百分之十五的企业所得税税率，以及3年的免税期和3年的减半征费期；
2.小型微利企业，可享受百分之二十的企业所得税税率，以及3年的免税期和3年的减半征费期。
深圳开头的公司：
包含前面两条税收优惠，而且在深圳前海工作的香港居民，其个人所得税税负超过香港税负的部分予以免征；将前海百分之十五企业所得税优惠政策扩展至前海合作区全域。