加工贸易手册备案流程一般包括以下步骤：
1.准备备案所需材料：这些材料通常包括企业法人营业执照副本及复印件、组织机构代码证副本及复印件、企业进出口经营权证明文件（如《对外贸易经营者备案登记表》等），以及其他可能需要的材料，如企业章程、验资报告等。此外，还需要提供加工贸易合同、经营企业与加工企业签订的委托加工合同（如果有）、国家有限制性规定的进出口商品的许可证件等。
2.提交备案申请：准备好上述材料后，企业需向商务主管部门或其授权机构提交备案申请。申请时应确保所有材料齐全、真实、有效，并按照要求归类和整理。
3.商务主管部门审核：商务主管部门或其授权机构在收到企业的备案申请后，将对提交的材料进行审核。审核内容主要包括企业资质、经营范围、进出口商品种类和数量等是否符合国家和海关的有关规定。如材料齐全且符合要求，商务主管部门将予以受理。
4.领取加工贸易手册：审核通过后，企业可以领取加工贸易手册。该手册是企业开展加工贸易的重要凭证，需妥善保管并在有效期内使用。
5.海关备案与开设银行保证金台账：企业还需向海关办理备案手续，并可能需要在中国银行设立银行保证金台账，以确保加工贸易合同的顺利执行。
请注意，具体的备案流程和所需材料可能因地区和政策的不同而有所差异。