长期零申报的企业会面临多种风险，主要包括：
1.被市场监督管理部门处罚。根据《公司登记管理条例》，企业如果成立后无正当理由超过6个月未开业，或开业后连续6个月以上自行停业，公司登记机关可以吊销其营业执照。
2.被税务机关重点监控。税务机关可能将长期零申报的企业视为重点监控对象。如果发现企业有隐瞒收入等不正当行为，企业不仅要补缴税款和滞纳金，还可能面临罚款。
3.影响企业信用等级。长期零申报可能导致企业纳税信用等级下降，影响企业未来的经营和发展。
4.影响发票使用。持有发票的企业如果长期零申报，可能会面临发票降板降量的风险，并且需要定期到税务机关进行发票核查。
5.被评定为“走逃户”。长期零申报且存在其他违规行为的企业可能被税务机关评定为“走逃户”，进而被纳入重大失信黑名单，并面临相应的法律后果。