代理记账公司转让流程主要包括：1.双方线上沟通确认合作意向，并签订转让协议支付定金。2.整理客户资料，完成资料交接后支付大部分款项。3.一段时间内确认无异常，支付尾款。4.工商注册登记事项变更完成，交易结束。此外，还需处理股权变更、税务备案、银行备案等事项，确保转让过程合法合规。